Der Vorteil des Einfrierens überschüssiger Eizellen liegt darin, dass eine weitere hormonelle Stimulation und Eizellentnahme nicht notwendig ist, um eine erneute Chance auf eine Schwangerschaft zu erhalten. Nachteilig ist, dass die Kosten für ein solches Vorgehen von der Kasse nicht getragen werden und die Schwangerschaftsraten mit ca. 20 % pro Transfer unter den Ergebnissen mit „frischen“ Embryonen liegen. Die Entscheidung für oder gegen das Einfrieren wird am Tag nach der Eizellentnahme gefällt, wenn die Zahl der befruchteten Eizellen sowie deren Qualität ersichtlich wird.
Neben den Eizellen kann man auch Spermien einfrieren. Dies geschieht z. B. bei der operativen Entnahme von Spermien aus dem Hoden, aber auch bei Männern, die sich z. B. aufgrund einer bösartigen Erkrankung einer Chemotherapie unterziehen müssen und die sich die Möglichkeit zur späteren Erfüllung des Kinderwunsches offenhalten möchten.